3月1日，就对德绝交问题，段祺瑞及内阁所有成员在总统府举行最高国务会议，在会议上黎元洪提出这个问题需交由国会讨论才能确定。于是，段祺瑞在2日以国务院总理身份邀请参众两院议长和国会中各政党领袖进行座谈，此前因为嚣张跋扈在国会中颇多非议的段祺瑞，这次非常难得地依靠自己有理有据的发言取得了议员的支持。3日，国会通过对德绝交的法案，并草拟出致日本政府的节略，交由驻日公使章宗祥交给日本政府，但是这个电稿呈到总统府以后，却被黎元洪搁置下来。4日，段祺瑞带着内阁成员到总统府，请黎元洪在政府向国会提出对德绝交案的咨文上盖章，同时请黎元洪将给驻日公使的电报发出。
之前段祺瑞做事跋扈惯了，尤其是徐树铮在的时候完全不把国会放在眼里，很多草案在国会通过时都是磕磕绊绊。黎元洪主动提出把对德绝交案交由国会审理，哪里知道国会居然通过了段祺瑞的提案，本来总是把“国会”放在嘴边的黎元洪，这一回没有办法，只好把段祺瑞最爱念叨的军人放到嘴边，表示“各省军人都反对对德宣战，对德绝交就是宣战的先声，应当先统一全国军人的意见，然后才能决定”。以前总是攻击段祺瑞的阁员们，这一次把怒火对准了黎元洪，教育总长范源濂甚至拍着桌子说：“总统虽有特权，责任则在内阁。总统既不对国会负责，又可推翻内阁的决议案，这样的总统，简直像专制皇帝一样了。”早已按捺不住的段祺瑞，更是直接提出辞职，随即带着全体阁员退出总统府。